בתום שנת הלימודים השנייה בלימודי המוסמך יגיש כל סטודנט לוועדת הדוקטורנטים הצהרת כוונות ראשונית של המחקר בו בכוונתו לעסוק. הוועדה תדון במעבר ללימודי הדוקטורט על בסיס הצהרה זו, על בסיס ההישגים בלימודים וכן על בסיס ההערכה הכללית של מורי המחלקה. ציוני הסף לקבלה לדוקטורט הם ממוצע 85 לתואר, וציון 90 (ממוצע בין שני הקוראים) של העבודה הסמינריונית המחקרית.  התנאי הנדרש לקבלת תואר מוסמך במהלך המסלול הישיר הוא אישור הצעת המחקר על ידי 'הרשות לתלמידי מחקר' . סטודנט שבסופו של דבר לא ימשיך ללימודי דוקטורט ויבקש לקבל תעודת גמר לתואר מוסמך - יוכל לעבור למסלול המחקרי או הלא-מחקרי בתכנית זו (321) ולהשלים את חובות המסלול.