אלפרד בונה נולד בשנת 1899 בנירנברג, גרמניה. למד באוניברסיטאות ארלנגן, מינכן ופרנקפורט ובבית הספר הגבוה לעסקים ולמדעי החברה בנירנברג. הוא קיבל תואר דוקטור לכלכלה באוניברסיטת מינכן בשנת 1923, ובשנת 1925 עלה לארץ ישראל.

בונה כיהן כמנהל המדור הסטטיסטי של קרן היסוד בשנים 1931-1927, ובשנים 1951-1935 שימש כחוקר ואח"כ כמנהל המכון לחקר הכלכלה של הסוכנות היהודית. הוא הצטרף לסגל הבכיר של האוניברסיטה העברית בשנת 1945 ועמד בראש החוג לכלכלה בעשר השנים הראשונות לקיומו (1959-1949). בשנים 1958-1955 כיהן כדיקן הפקולטה למדעי החברה. במסגרת תפקידו כדיקן הוא יזם את כינונם של הלימודים במינהל עסקים באוניברסיטה העברית.

תחומי מחקרו העיקריים היו כלכלה וחברה בארץ ישראל ובמזרח התיכון וכלכלת פיתוח.

אלפרד בונה נפטר בירושלים בשנת 1959.